Pode, sim. Veja como:
Primeiro, faça o cadastro com CPF só para entrar na nossa base de dados. Este processo deve ser feito antes do pedido ser gerado. Então, entre em contato com a gente. Vamos precisar do CNPJ, Razão Social e Inscrição estadual para alterar manualmente o seu cadastro. Aí, a NF do seu pedido será emitida com os dados da empresa.